Пермская государственная фармацевтическая академия организована в 1936 году как Пермский государственный фармацевтический институт. В 1995 году Пермский государственный фармацевтический институт переименован в Пермскую государственную фармацевтическую академию, а в 2005 году - в государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Пермская государственная фармацевтическая академия Федерального агентства по здравоохранению и социальному развитию», в 2011 году в государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Пермская государственная фармацевтическая академия" Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации, с 2012 года - в государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования "Пермская государственная фармацевтическая академия" Министерства здравоохранения Российской Федерации, с июля 2016 года — в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Пермская государственная фармацевтическая академия» Министерства здравоохранения Российской Федерации.